«Балтика» была основана 23 августа 1954 года и до февраля 1958 года носила название «Пищевик»;

С сезона-1955 «Балтика» непрерывно защищает честь янтарного края на отечественной футбольной арене, став четвертым по счету представителем области в первенствах страны;

Три сезона балтийцы провели в элите чемпионата России (1996-1998 гг.);
19 мая 2023 года «Балтика» спустя 25 лет вернулась в высший дивизион российского футбола;