Дата основания клуба — 23 августа 1954 (по другим данным — 22 декабря 1954 года).

История калининградского футбола началась в послевоенные годы. Первые футбольные команды в молодом советском городе появляются при предприятиях. Наиболее успешно играли «Красная звезда» и местное «Динамо». Матчи проводились на главном городском стадионе «Динамо» — нынешней «Балтике». В 1954-м году руководство крупнейшего рыбного предприятия СССР, «Балтгосрыбтрест», предлагает создать на самом западе страны «свою» рыбацкую команду. И 23 августа 1954 года основывается предшественник сегодняшнего клуба «Балтика» — команда «Пищевик». Тренировать игроков приглашают бывшего футболиста и тренера «Красной звезды» Петра Федоровича Захарова.

В 1955-1956 гг. клуб выступал в первенстве РСФСР среди Коллективов Физической Культуры (КФК). Через несколько лет команда получает право выступать в первенстве СССР. По современной структуре они играют в ФНЛ. Футболистам отдают стадион «Динамо». Позже его переименуют в «Пищевик».

В северной зоне первенства калининградцы заняли 4 место из 7 команд, а на следующий год «Пищевик» становится уже финалистом первенства РСФСР и розыгрыша Кубка РСФСР. С 1957 года команда выступает в первенстве СССР по классу «Б».  

В 1958 году команда, а за ней и спортивная арена, получают имя «Балтика». Но этот год не самый лучший для футболистов. Калининградцы финишируют на предпоследнем месте в таблице. Руководство клуба увольняет весь тренерский состав, Захарова приглашают вновь, а вместе с ним и уже известного в регионе тренера Владимира Щербинского. И тренерский дуэт оказывается успешным. 

1959-й год становится для балтийцев самым ярким за всю советскую пору. «Балтика» успешно играет в зоне с лучшими командами Латвии, Литвы, Украины, Эстонии – многие из них позже выйдут в высшую лигу чемпионата СССР. 

На калининградском стадионе собирается по 20 тысяч зрителей. Футболистов с поля выносят на руках под гром оваций!

В 1965 году «Балтика» выступает в полуфинальном турнире класса «Б» первенства СССР. Тогда же клуб одерживает одну из крупнейших побед за всю свою историю. Он буквально разгромил череповецкий «Металлург» — счет 8:1.

В 70-х команда особых успехов не показывает и, по сути, является аутсайдером второй лиги. Тогда же главным тренером назначается Алексей Петрович Чесноков. Опытный наставник начинает заново формировать команду. 

В итоге «Балтика» превращается в крепкого середняка лиги. В 1984 году команда становится победителем зонального турнира.

В 1992 году в Калининград приезжает Корней Шперлинг, заслуженный тренер России. Вместе с ним «Балтика» выходит в первую лигу и через год занимает там третье место. А в 95-м случается то, во что до последнего мало кто верил – с большим отрывом от конкурентов команда выходит в высший дивизион. К этому времени Шперлинг является президентом клуба. А место главного тренера занимает Леонид Ткаченко, заслуженный тренер Украины.

В новейшей истории особняком стоит сезон-1996. Дебютировав в Высшей лиге, балтийцы сходу заняли высокое 7 место! В 1998 калининградцы дебютировали в Кубке Интертото. Балтийцы прошли два раунда (обыграли по сумме двух матчей «Спартак» из болгарской Варны и словацкую «Озету Дуклу»), а в третьем споткнулись на югославской «Войводине».

В Премьер-лиге калининградской команде удалось продержаться три сезона. 

Первый же год выступления в высшей лиге стал лучшим в истории калининградского клуба — команда заняла седьмое место, благодаря, в первую очередь, очень уверенной игре дома, в том числе с лидерами — победы над будущим чемпионом — московским «Спартаком» и действующим — владикавказской «Аланией», а также победы над ЦСКА, «Торпедо», «Крыльями Советов» и другими старожилами лиги. 

В следующем сезоне «Балтика» проиграла всего 7 матчей из 34, что стало четвёртым результатом в Лиге (после трёх призёров), но обилие ничьих не позволило команде занять высокое место, и «Балтика» финишировала девятой. 

В следующем сезоне «Балтика» впервые в своей истории принимала участие в еврокубковых матчах, дойдя до 3-го раунда Кубка Интертото. Возможно, именно участие в этом турнире сыграло злую шутку с «балтийцами». Все матчи проходили в упорной борьбе, но команде не везло, и в конце сезона, заняв 15-е место, «Балтика» покинула элиту российского футбола.  

В 98-м году в стране случился финансовый кризис. Губернатором становится Леонид Горбенко. В его интересы уже не входит финансирование футбола. Опять возникают трудности с деньгами. Команда покидает Премьер-лигу, а спустя некоторое время из первой лиги опускается до второй.

В период с 1999 по 2011 год в «Балтике» порядка 20 раз менялся главный тренер. Естественно, в такой ситуации команде было сложно добиться существенных успехов. Сезон 2000 года «Балтика» завершила на 12 месте, а в 2001 году крепкий середняк первого дивизиона и вовсе опустился в зону «Запад» второго дивизиона.

В 2006 и 2007 годах «балтийцы» занимают, соответственно, 14-е и 15-е место. Следующие два сезона были более удачны — 7-е место в 2008 и 9-е в 2009. В 2010 команда вновь опускается вниз таблицы, и финиширует в шаге от зоны вылета — на 15-м месте. 

Судьба команды в сезоне 2011/2012 решалась в последнем туре в домашней встрече с прямым конкурентом в борьбе за выживание — оренбургским «Газовиком», в котором калининградцы победили со счётом 2:1, тем самым отправив «Газовик» во второй дивизион.

Следующий сезон оказался самым успешным для команды за последние 14 лет. Балтийцы заняли 5-е место, оказавшись в шаге от стыковых матчей. Боеспособный коллектив впервые с 1999 года мог реально претендовать на выход в Премьер-Лигу.

Недостаточные финансовые возможности, не позволили команде бороться за первые места, и в сезоне 2013/2014 «Балтика» финишировала на 9 месте. 

Сезон 2014/2015  и 2015/2016  и «Балтика» заканчивает на 15 и 14 месте соответственно. 

 В следующем сезоне команду усилил ряд известных игроков, таких как участник Лиги чемпионов УЕФА и Лиги Европы УЕФА Максим Григорьев, бронзовый призёр Евро 2008 Дмитрий Торбинский, арендованный у Ростова Дмитрий Скопинцев, а также ивуарийский легионер Сенин Себаи. Калининградцы, под руководством Игоря Черевченко, были близки к завоеванию права участвовать в стыковых матчах, победитель которых в следующем сезоне выступает в Премьер-Лиге, однако, как и 5 лет назад команда заняла только 5 место.

Сезон 2018/2019 стал тяжелым и нестабильным для нашей команды: команду покинули Торбинский и Себаи, новым главным тренером стал Валерий Непомнящий, однако он был уволен уже после 11-го тура— команда с 10 очками занимала 17-е место. Осенью главным тренером назначили Игоря Ледяхова, который был отправлен в отставку спустя 13 игр, а в январе 2019 года команду возглавил Евгений Калешин.

Сезон «Балтика» закончила в зоне вылета на 16 месте, однако сохранила прописку в ФНЛ из-за отказа победителя зоны ПФЛ Восток «Сахалина» от участия в следующем сезоне первенства ФНЛ.

Сезон 2019/2020 «Балтика» уверено шла к своей главной цели, однако сезон не был доигран из-за пандемии COVID-19. По итогу, «Балтика» заняла 7-е место.

В следующем сезоне в команде произошли серьёзные изменения: клуб покинула большая часть игроков, их заменили футболисты, имеющие опыт выступления в РПЛ. После 14-го тура Евгений Калешин подал в отставку, а новым главным тренером стал Сергей Игнашевич. В кубке команда дошла до 1/4 финала, где уступила московскому «Динамо» в серии пенальти, а в чемпионате «Балтика» заняла 10 место.

В сезоне 2022/2023 вновь началась перестройка. Произошли изменения и в тренерском штабе. Команду покинули Эдуард Штейнбрейхер, Микаэль Мовсесян и Дмитрий Головко. Им на смену пришли: Артём Булойчик и Михаил Соловей, также в команду вернулся тренер Леонид Ткаченко. 

После поражения от «Велеса» (1:2) в 1-м туре началась беспроигрышная серия из 30 матчей, прерванная поражением в домашней игре 32-го тура с «Рубином» (0:1).

19 мая 2023 года, спустя 25 лет после вылета, «Балтика» вернулась в высший дивизион российского футбола!